FlexS是一个精确的3D分子叠合程序。给定一对配体分子，FlexS可以预测某个配体相对参考配体的构象及取向。在FlexS当中，参考配体是刚性的，好是结合状态的构象。

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MOE是分子操作环境（Molecular Operating Environment）的缩写。MOE是由化学计算集团（Chemical Computational Group）开发的化学计算及分子模拟软件。MOE是一个用户交互式的窗口程序，包括一系列广泛的分子模拟及药物设计应用。

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