蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析是研究生物体内蛋白质分子之间相互作用及其功能机制的手段，旨在揭示不同蛋白质分子之间的相互作用关系。蛋白质通过相互作用来完成细胞内复杂的生理和生化过程，蛋白质-蛋白质相互作用分析的核心目标是揭示蛋白质分子之间的结合位点、结合亲和力以及动态相互作用过程，从而帮助科学家更好地理解生命活动的分子基础。。例如，许多生物过程，如信号传递、细胞周期调控、免疫反应等，都是由不同蛋白质间的相互作用所调控的。通过分析蛋白质-蛋白质相互作用，科研人员能够更好地理解细胞内的信号网络、代谢途径以及相关疾病的发生机制。因此，蛋白质-蛋白质相互作用分析在基础科研、药物研发、疾病机制研究等领域有所应用。在药物开发中，研究蛋白质-蛋白质相互作用不仅有助于发现新的治疗靶点，还可以揭示药物的作用机制。通过干扰某些关键的蛋白质相互作用，研究人员可以开发出新的抗癌药物或抗病毒药物。同时，蛋白质-蛋白质相互作用分析对于疾病的早期诊断和靶向治疗也具有价值。许多疾病，尤其是癌症、神经退行性疾病等，往往与特定的蛋白质相互作用异常密切相关，深入研究这些相互作用有助于找到疾病的根本原因和潜在的治疗方法。

一、蛋白质-蛋白质相互作用分析的常见方法

1、免疫共沉淀（Co-IP）

免疫共沉淀法是研究蛋白质-蛋白质相互作用最常用的实验技术之一。通过特异性抗体捕捉目标蛋白质及其相互作用伙伴，再通过Western blot或质谱分析来确认相互作用。此方法操作相对简便，且能够提供直接的实验数据，是研究蛋白质复合物和相互作用的工具。

2、酵母双杂交（Y2H）技术

酵母双杂交技术利用酵母细胞作为平台，检测两种蛋白质是否通过相互作用形成复合物。这种方法非常适合于大规模筛选蛋白质相互作用网络，能够发现蛋白质之间的直接互动。其优势在于高通量和系统性，尤其适合在全基因组范围内研究蛋白质相互作用。

3、拉下法（Pull-down Assay）

拉下法通过捕捉目标蛋白质的复合物进行分析，常与标签蛋白结合使用。该方法能够筛选出直接相互作用的蛋白质伙伴，并对其进行进一步分析。拉下法的关键在于选择合适的标签和亲和基质，以提高实验的灵敏度和特异性。

4、表面等离子共振（SPR）技术

表面等离子共振技术可以实时监测蛋白质-蛋白质相互作用的动态过程，精确测定结合动力学和亲和力。SPR无标记、实时分析的特点使其成为蛋白质-蛋白质相互作用分析中的一种技术手段，适用于高通量筛选和药物开发研究。

5、质谱技术（Mass Spectrometry）

通过质谱可以精确地分析蛋白质复合物的组成，提供关于蛋白质相互作用的定性和定量数据。质谱技术能够在高通量筛选中提供丰富的信息，特别适用于检测弱相互作用和高通量分析。使用质谱技术进行蛋白质-蛋白质相互作用分析时，常结合免疫共沉淀或拉下法等技术，通过分离纯化得到的复合物进行质谱分析，进一步揭示蛋白质间的相互作用关系。质谱不仅可以帮助确定蛋白质相互作用的精确结合位点，还能识别与疾病相关的蛋白质相互作用网络。

二、技术流程与注意事项

蛋白质-蛋白质相互作用分析的基本流程通常包括蛋白质的表达与纯化、相互作用的检测、数据分析与结果验证等几个关键步骤。首先，研究人员需要通过重组技术表达目标蛋白质，并对其进行纯化。接着，通过选择合适的技术（如免疫共沉淀、酵母双杂交等）检测蛋白质间的相互作用。最后，使用Western blot、质谱或其他检测方法对实验结果进行验证。

在实验过程中，研究人员需要特别注意以下几个问题：

• 首先，要确保蛋白质在实验中保持稳定，避免降解或聚集；
• 其次，要注意实验条件的优化，例如蛋白质浓度、盐浓度、温度等，这些因素可能影响蛋白质相互作用的结果。
• 此外，还要避免非特异性结合的干扰，以确保所获得的相互作用数据的可靠性。

蛋白质的相互作用通常具有高度的特异性和可变性，这使得在复杂的生物体系中筛选出有效的相互作用变得困难。其次，某些蛋白质之间的相互作用较为弱或短暂，导致传统的分析方法难以捕捉到这些交互。此外，蛋白质-蛋白质相互作用的空间结构也会影响其功能，因此如何同时研究蛋白质的结构和相互作用仍然是一个亟待解决的问题。随着技术的不断发展，新的分析方法和技术平台不断涌现。高通量筛选技术、单分子分析技术、质谱技术等的进步为蛋白质-蛋白质相互作用的研究提供了更多可能性。

凭借深厚的技术积累和丰富的实践经验，百泰派克生物科技提供全面的蛋白质-蛋白质相互作用分析服务，涵盖从实验设计、样品处理到数据解析的全流程支持。我们致力于为客户提供高效、准确和可重复的分析结果，助力科学家在蛋白质功能研究、疾病机制解析及药物靶标发现等领域取得卓越成果。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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